Peran aktif Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka (UHAMKA) untuk turut serta mencerdaskan bangsa sudah dimulai sejak tahun 1956 sebagai Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG). Di Tahun 1957 PTPG tersebut menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) – Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ), dan setahun kemudian pada tahun 1958 berkembang menjadi Insititut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Jakarta. Tahun 1997 merupakan tahun bersejarah, karena di tahun inilah IKIP Muhammadiyah Jakarta menjadi UHAMKA.
Fakultas Kedokteran UHAMKA sendiri berawal dari keinginan Prof. Dr. Suyatno, M.Pd., Rektor Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka periode 2004-2018 untuk memenuhi ketersediaan tenaga dokter, meningkatkan eksistensi UHAMKA di bidang akademik, dan menguatkan sinergitas antar prodi bidang kesehatan di UHAMKA maka mulailah dirintis pembukaan Fakultas Kedokteran sejak tahun 2013. Langkah awal yang ditempuh adalah mengumpulkan bahan ketentuan perundang-undangan terkait pembukaan Fakultas Kedokteran. Kemudian dibentuklah tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran yang dipimpin oleh Bapak Drs. Sumaryono, MBA dan Dr. dr. Wawang S, Sukarya, Sp.OG(K), MARS, MH.Kes sebagai konsultan, yang selanjutnya beliau ditunjuk menjadi Dekan pertama Fakultas Kedokteran UHAMKA.
Tim Persiapan Pembukaan Fakultas Kedokteran melakukan benchmarking ke beberapa Fakultas Kedokteran yang telah disetujui/berjalan baik dari Perguruan Tinggi Negeri maupun Swasta antara lain FK Muhammadiyah Purwokerto, FK Universitas Muhammadiyah Solo, FK Universitas Widya Mandala Surabaya, FK Universitas Sebelas Maret, dan FK Universitas Andalas Padang.
Tanggal 30 Januari 2015 terbentuklah kesepakatan untuk menjadikan Rumah Sakit Islam Jakarta (RSIJ) Pondok Kopi sebagai rumah sakit pendidikan Fakultas Kedokteran UHAMKA dalam Nota Kesepahaman No. 166/C.01.08/2015. Lahan pendidikan yang digunakan untuk pendidikan klinik Prodi Kedokteran Fakultas Kedokteran UHAMKA antara lain RSIJ Cempaka Putih, RSIJ Sukapura, RSJI Klender, Balkesmas Cipinang. Tim juga melakukan peninjauan ke Fakultas Farmasi yang direncanakan menjadi lokasi bersama Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka di jl. Delima II, Klender, Jakarta Timur serta mengadakan pertemuan dengan Dekan dan Staf nya.
Perjuangan panjang mendirikan Fakultas Kedokteran UHAMKA selama hampir 5 tahun melalui masa moratorium, barulah usulan ini mendapat Surat Rekomendasi dari Kopertis melalui Surat No.577/K3/KL/2017, dan berhasil upload borang untuk yang kedua kalinya pada bulan September 2017. Periode selanjutnya adalah visitasi yang dilaksanakan pada 23 Desember 2017. Syukur alhamdulillah SK pendirian UHAMKA No.250/KPT/I/2018 pada 27 Februari 2018 telah diterima oleh seluruh keluarga UHAMKA dengan penuh suka cita, sehingga pada tahun ajaran 2018 bisa menerima mahasiswa Kedokteran angkatan pertama sejumlah 47 mahasiswa.
